PCR实验室没有严格的净化要求，但为了避免不同实验区域之间交叉污染的可能性，宜采用全供全排的空气组织形式。除此之外还应严格控制供排气比例，以确保每个实验区的压力要求

1、试剂储存和制备区

本实验区的主要操作是储存试剂的制备、试剂的分装和主要反应混合物的制备。用于标本制备的试剂和材料应直接运输到此区域，不得经过其他不相关的区域。试剂原料必须储存在该区域，所需的储存试剂也必须在该区域制备。该区域对气流压力的控制没有严格要求。

2、标本制备区域

该领域的主要操作是保存临床标本、提取和储存核酸（RNA、DNA），当添加到扩增反应管中并测量RNA时，cDNA的合成。

该区域的压力梯度需要相对于相邻区域为正，以避免相邻区域的气溶胶污染进入该区域。除此之外，应避免在该区域进行不必要的移动，因为在装载操作期间可能会发生气溶胶污染。

3、扩增反应混合物和扩增区域的制备

该区域的主要操作是DNA或cDNA扩增。此外，在该区域还可以添加制备好的DNA模板和合成的cDNA（来自样品制备区），在巢式PCR检测中，可以将主要反应混合物制备（来自试剂储存和制备区）转移到反应混合物中，通常在第一轮扩增后必须打开反应管，因此嵌套放大具有很高的污染风险，必须在该区域进行第二次采样。

该区域的压力梯度需要相对于相邻区域的负压，以避免该区域的气溶胶泄漏。为了避免气溶胶造成的污染，应尽量减少该地区不必要的活动。添加样本等单独操作应在干净的工作台上进行。

4、放大产品分析区域

该区域的主要操作是确定扩增片段。如果使用自动封闭分析仪进行检测，则可以忽略该区域。

该区域是放大产品污染的主要来源。该区域的压力梯度必须是相对于相邻区域的负压，以避免放大产物从该区域扩散到其他区域。

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